Где-то на просторах чудесной Японии, стоит величественное творение - городок Академград. По нему 24 часа в сутки блуждают тысячи роботов и наводят частоту. Отличается город тем, что он в основном состоит из школы для детей с необычными способностями - эсперов. Со всей Поднебесной дети приезжают сюда, чтобы выучится и добиться чего-то в жизни. Среди таких людей и зачесался наш главный герой из предыдущего сезона - Тома Камидзё. После событий первого сезона он частично потерял память, но вот одну девочку в белой рясе он забыть не смог. Индекс - человечек со 103 тысячами книжек в голове вечно достает нашего героя пустым животом. После спасения мира, Тома уж было понадеялся, что жизнь снова станет как прежде. Раньше он жил тем, что ожидал очередную неприятность, но с появлением Индекса, жизнь стала идти как-то слишком быстро и неудачи стали незаметными. Но не тут то было. Заканчивалось лето и скоро должен был начаться новый школьный год. Снова домашние задание и ненавистные уроки. Все лето прошло в пустую. Но помимо этого, Индекс будет продолжать втягивать Тому в разные неприятности. Снова ему придется решать вопросы между магами, эсперами и религией. Старый дух Индекса Волшебства и знакомые по первому сезоны герои - гарантированы!